Depuis 2007, à l'occasion du Carrefour des gestions locales de l'eau (CGLE) organisé à Rennes, le CSEB organise un séminaire scientifique sur une problématique environnementale liée à la qualité et la gestion de l'eau et des milieux aquatiques. A partir de 2010, les conférences ont été enregistrées et mise en ligne.

Les thèmes abordés sont les suivants :

- 2007 : Le phosphore dans l'environnement : bilan des connaissances sur les impacts, les transferts et la gestion environnementale (télécharger le programme et les résumés des exposés)

- 2008 : Gestion des cyanobactéries d’eau douce, organisé par le GIS Cyanobactéries, organisé  par le groupement d'intérêt scientifique sur les cyanobactéries (GRISCYA) (télécharger le programme et les résumés des exposés)

- 2009 : Morphologie des cours d'eau et qualité des eaux : rôle des retenues, des écluses et des seuils (télécharger le programme et les résumés des exposés)

- 2010 : Eau, trait d’union entre bassins versants et espaces maritimes (écouter les conférences en ligne - voir le programme et les résumés des exposés) 

- 2011 : Objectif : Basses fuites en nitrate  (écouter les conférences en ligne - voir le programme et les résumés des exposés)

- 2012-A : Contamination des eaux par les résidus médicamenteux (écouter les conférences en ligne - voir le programme et les résumés des exposés)

- 2012-B : Diagnostic de bassin versant (écouter les conférences en ligne - voir le programme et les résumés des exposés)

- 2013 : Ressource en eau et changement climatique (écouter les conférences en ligne - voir le programme et les résumés des exposés)

- 2014 : Décrire et modéliser les bassins versants : des outils d’aide à la décision pour aujourd’hui et pour demain (écouter les conférences en ligne - voir le programme et les résumés des exposés)

- 2015 : Proliférations de phytoplancton en eaux douces et marines : compréhension des mécanismes de prolifération et impacts environnementaux et sanitaires, co-organisé avec le Creseb (écouter les conférences en ligne -voir le programme et les résumés des exposés)

- 2016-A : Des innovations technologiques au service de la gestion de l'eau : Drones et télédétection de proximité, co-organisé avec le Creseb (voir le programme et les résumés des exposés)

- 2016-B : De l'incertitude scientifique à la décision politique, co-organisé avec le Creseb (écouter les conférences en ligne -voir le programme et les résumés des exposés)